1. 관련법령

조세특례제한법 제8조의 4

중소기업에 해당하는 내국인은 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도에 「소득세법」 제19조 제2항 및 「법인세법」 제14조 제2항에 따른 결손금이 발생한 경우 「소득세법」 제85조의2 및 「법인세법」 제72조에도 불구하고 직전 2개 과세연도의 소득(거주자의 경우에는 해당 중소기업의 사업소득에 한정한다)에 대하여 부과된 소득세액 또는 법인세액을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다.

 조세특례제한법시행령 제7조의 3

① 법 제8조의4에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 말한다.

 1. 중소기업을 영위하는 자가 거주자인 경우: 가목의 금액에서 나목의 금액을 차감한 금액

가. 직전 또는 직전전 과세연도의 중소기업에 대한 종합소득산출세액

나. 직전 또는 직전전 과세연도의 종합소득과세표준에서 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도에 발생한 「소득세법」 제45조 제3항에 따른 이월결손금(같은 조 제2항의 부동산임대업에서 발생한 이월결손금은 제외한다)으로서 소급공제를 받으려는 금액(직전 또는 직전전 과세연도의 종합소득과세표준을 한도로 한다)을 차감한 금액에 직전 또는 직전전 과세연도의 세율을 각각 적용하여 계산한 해당 중소기업에 대한 종합소득산출세액

2. 중소기업을 영위하는 자가 내국법인인 경우: 가목의 금액에서 나목의 금액을 차감한 금액

가. 직전 또는 직전전 과세연도의 법인세 산출세액

나. 직전 또는 직전전 과세연도의 과세표준에서 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도에 발생한 「법인세법」 제14조 제2항에 따른 결손금으로서 소급공제를 받으려는 금액(직전 또는 직전전 과세연도의 과세표준을 한도로 한다)을 차감한 금액에 직전 또는 직전전 과세연도의 세율을 각각 적용하여 계산한 금액

② 법 제8조의4에 따라 결손금을 소급공제하는 경우 직전 과세연도와 직전전 과세연도 각각에 해당 중소기업의 사업소득에 대한 소득세 또는 법인세의 납부세액이 있는 경우에는 직전전 과세연도의 해당 사업소득에 대한 소득세 또는 법인세의 과세표준에서 결손금을 먼저 공제한다.

③ 법 제8조의4에 따라 결손금소급공제세액을 환급받으려는 자는 「소득세법」 제70조·제70조의2·제74조에 따른 과세표준확정신고기간 또는 「법인세법」 제60조에 따른 신고기간 내에 기획재정부령으로 정하는 결손금 소급공제 세액 환급 특례 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

2. 기획재정부 보도자료

기획재정부 보도자료도 중소기업 결손금 소급공제 허용기간 한시 확대를 2021년 결손금에 한하여 한시 확대하고 결손금 소급공제 순서는 직전전 과세연도의 납부세액(소득세,법인세)에서 먼저 공제하는 것으로 하고 있습니다. 

3. 결론

관련법령과 기획재정부 보도자료에 따라 직전 2년간 결손금 소급공제를 해주는 경우는 2021년 결손금에 한하여 적용되는 것으로 해석됩니다.

따라서, 2021년 결손금이 발생한 경우에만 2019년과 2020년 모두 납부한 세액에 대해서 소급공제를 적용하고, 2020년 결손금에 대한 소급공제는

해당되지 않는 것으로 해석됩니다.